個人簡介

2009 - 2011 , 博士后 , 生物信息學(xué) , 北京大學(xué)

2004 - 2009 , 理學(xué)博士 , 生物信息學(xué) , 中科院生物物理所

2000 - 2004 , 理學(xué)學(xué)士 , 應(yīng)用數(shù)學(xué) , 北京大學(xué)

2011 - 2020 , 副研究員 , 北京大學(xué)

2020 – 至今，研究員 , 北京大學(xué)

研究工作

1.數(shù)據(jù)庫與工具（Databases and Tools）

首個西瓜T2T基因組與突變體庫

The first T2T watermelon genome and the mutant library

Website: http://www.watermelondb.cn  

Related News: http://www.pku-iaas.edu.cn/kyjz/449.html

Publication: https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.06.010

獼猴桃屬基因組數(shù)據(jù)庫

Genomic Database for Actinidia Species

Website: http://182.92.183.62/  

New Website: http://8.140.245.74:6688 

Related News: http://www.pku-iaas.edu.cn/kyjz/622.html  

                        https://sdxw.iqilu.com/share/dHYtMjEtNTMxNzcxNQ.html#/

Publication: https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.12.022

擬南芥轉(zhuǎn)光發(fā)育單細胞數(shù)據(jù)庫

Single Cell Atlases of Arabidopsis De-Etiolating Seedlings

Website: http://182.92.183.62:4576/  

New Website: 8.140.245.74:6699

2.多組學(xué)（Multi-Omics）研究

生物信息學(xué)是在生命科學(xué)的研究中，利用信息技術(shù)對大量而復(fù)雜的生物數(shù)據(jù)進行存儲、檢索和分析，進而揭示生物學(xué)奧秘的新興學(xué)科。近年來，隨著基因組序列的不斷完善和各種大通量采集數(shù)據(jù)實驗方法的開發(fā)，對數(shù)據(jù)的發(fā)掘和理解也在生物研究中起到越來越重要的作用。本課題組通過長期基因組序列變異、轉(zhuǎn)錄組、表觀遺傳組及表型組的研究，建立起完善的生物信息分析平臺，并將不同的組學(xué)數(shù)據(jù)整合，發(fā)掘基因在不同組學(xué)數(shù)據(jù)中的關(guān)聯(lián)，形成層級或網(wǎng)絡(luò)的調(diào)控關(guān)系。并通過多組學(xué)方法發(fā)現(xiàn)新的調(diào)控因子和調(diào)控通路。

3.雜種優(yōu)勢研究

雜交優(yōu)勢是自然界普遍存在的一種復(fù)雜生物學(xué)現(xiàn)象，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中獲得了廣泛的應(yīng)用。但是雜交優(yōu)勢的分子遺傳機理迄今尚不清楚。隨著分子生物學(xué)、基因組學(xué)和生物信息學(xué)研究的深入和發(fā)展，利用系統(tǒng)生物學(xué)手段開展雜交優(yōu)勢分子機理的研究，具有重要的科學(xué)意義和實際應(yīng)用價值。基因型異質(zhì)的親本其雜交子一代許多性狀上不同于雙親，這必然涉及到親本基因組在雜交遺傳背景中相互作用而引起基因表達調(diào)控發(fā)生變化。目前，我們利用高通量測序技術(shù)對具有不同優(yōu)勢的雜交組合的親本和子一代不同組織在不同環(huán)境條件下進行全基因組基因差異表達分析，并進一步分析造成這種差異表達基于順式作用元件和反式調(diào)控因子DNA序列多態(tài)性的遺傳機制，以及基于DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質(zhì)重塑和非編碼RNA的表觀遺傳機制，全面探索雜交優(yōu)勢的可能分子機制。

4.全基因組選擇

隨著更多新技術(shù)在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中應(yīng)用，我們可以從大量基因型和表型數(shù)據(jù)出發(fā)，快速發(fā)掘水稻玉米等作物中的功能基因，同時整合多種有利性狀，開展全基因組選擇育種。目前，本課題組通過開發(fā)的多個高通量的SNP標記芯片結(jié)合測序和表型鑒定，對各種水稻、玉米的種質(zhì)資源和雜交分離群體進行分型分析，在全基因組層次建立性狀與標記的關(guān)聯(lián)性，進一步通過數(shù)學(xué)建模，預(yù)測品種的性狀表現(xiàn)，開展分子設(shè)計育種。

代表論文

(#: Co-author; *: Corresponding author)

1. Zhang Y#, Fu J#, Wang K#, Han X#, Yan T, Su Y, Li Y, Lin Z, Qin P, Fu C, Deng XW, Zhou D*, Yang Y*, He H*. The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding. Plant Biotechnol J. 2022 Jun 24.

2. Deng Y#, Liu S#, Zhang Y#, Tan J, Li X, Chu X, Xu B, Tian Y, Sun Y, Li B, Xu Y, Deng XW, He H*, Zhang X*. A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding. Mol Plant. 2022 Jun 22:S1674-2052(22)00192-7.

3. Cui D#, Zhou H#, Ma X#, Lin Z, Sun L, Han B, Li M, Sun J, Liu J, Jin G, Wang X, Cao G, Deng XW, He H*, Han L*. Genomic insights on the contribution of introgressions from Xian/indica to the genetic improvement of Geng/japonica rice cultivars. Plant Comm. 2022 May 9;3(3):100325.

4. Li G#, Wang L#, Yang J#*, He H#, Jin H#, Li X#, Ren T#, Ren Z, Li F, Han X, Zhao X, Dong L, Li Y, Song Z, Yan Z, Zheng N, Shi C, Wang Z, Yang S, Xiong Z, Zhang M, Sun G, Zheng X, Gou M, Ji C, Du J, Zheng H, Dolezel J, Deng XW, Stein N, Yang Q*, Zhang K*, Wang D*. A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes. Nat Genet. 2021 Apr;53(4):574-584.

5. Wang B#, Lin Z#, Li X#, Zhao Y, Zhao B, Wu G, Ma X, Wang H, Xie Y, Li Q, Song G, Kong D, Zheng Z, Wei H, Shen R, Wu H, Chen C, Meng Z, Wang T, Li Y, Li X, Chen Y, Lai J, Hufford MB, Ross-Ibarra J, He H*, Wang H*. Genome-wide selection and genetic improvement during modern maize breeding. Nat Genet. 2020 Jun;52(6):565-571.

6. Sun L#, Jing Y#, Liu X#, Li Q#, Xue Z, Cheng Z, Wang D, He H*, Qian W*. Heat stress-induced transposon activation correlates with 3D chromatin organization rearrangement in Arabidopsis. Nat Commun. 2020 Apr 20;11(1):1886.

7. Lin Z, Qin P, Zhang X, Fu C, Deng H, Fu X, Huang Z, Jiang S, Li C, Tang X, Wang X, He G, Yang Y*, He H*, Deng XW*. Divergent selection and genetic introgression shape the genome landscape of heterosis in hybrid rice. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Mar 3;117(9):4623-4631.

8. Han X, Chang X, Zhang Z, Chen H, He H*, Zhong B*, Deng XW*. Origin and Evolution of Core Components Responsible for Monitoring Light Environment Changes during Plant Terrestrialization. Mol Plant. 2019 Jun 3;12(6):847-862.

9. Wang Z#, Li J#, Chen S#, Heng Y#, Chen Z#, Yang J, Zhou K, Pei J, He H*, Deng XW*, Ma L*. Poaceae-specific MS1 encodes a phospholipid-binding protein for male fertility in bread wheat. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Nov 6.

10. The IC4R Project Consortium., Information Commons for Rice (IC4R). Nucl. Acids Res. 2015 Oct; doi: 10.1093/nar/gkv1141.

11. Zhou D#, Chen W#, Lin Z#, Chen H#, Wang C#, Li H, Yu R, Zhang F, Zhen G, Yi J, Li K, Liu Y, Terzaghi W, Tang X, He H*, Zhou S*, Deng XW*., Pedigree-based analysis of derivation of genome segments of an elite rice reveals key regions during its breeding., Plant Biotechnol J. 2015 Jun 10. doi: 10.1111/pbi.12409.

12. Chen H#, Xie W#, He H#, Yu H#, Chen W, Li J, Yu R, Yao Y, Zhang W, He Y, Tang X*, Zhou F*, Deng XW*, Zhang Q*., A High-Density SNP Genotyping Array for Rice Biology and Molecular Breeding. Mol Plant 2014 Mar;7(3):541-53.

13. Shen H#, He H#, Li J, Chen W, Wang X, Guo L, Peng Z, He G, Zhong S, Qi Y, Terzaghi W, Deng XW., Genome-wide analysis of DNA methylation and gene expression changes in two Arabidopsis ecotypes and their reciprocal hybrids. Plant Cell 2012, 24(3):875-92.

14. Charron JB#, He H#, Ellinga AA, Deng XW., Dynamic landscapes of four histone modifications during deetiolation in Arabidopsis. Plant Cell. 2009, 21(12):3732-48.

15. Zhang HY#, He H#, Chen LB, Li L, Liang MZ, Wang XF, Liu XG, He GM, Chen RS, Ma LG, Deng XW., A genome-wide transcription analysis reveals a close correlation of promoter INDEL polymorphism and heterotic gene expression in rice hybrids. Mol Plant. 2008 Sep;1(5):720-31.